Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AC107982.2-201ENST00000577360 463 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NCBP3Q53F19 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms