Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH2P43246 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH2P43246 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH2P43246 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH2P43246 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH2P43246 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH2P43246 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms