Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	IRC22	YEL001C	678 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	ZRT1	YGL255W	1131 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	YHR137C-A	YHR137C-A	651 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	YLR036C	YLR036C	612 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	FBP1	YLR377C	1047 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	VPS28	YPL065W	729 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	MUP3	YHL036W	1641 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	PCL8	YPL219W	1479 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	TRM11	YOL124C	1302 nt		4.67	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	AFT1	YGL071W	2073 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	PRP43	YGL120C	2304 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	YCR085W	YCR085W	354 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	MRPL7	YDR237W	879 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	ATP12	YJL180C	978 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	OMA1	YKR087C	1038 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	YLR326W	YLR326W	723 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	CSR1	YLR380W	1227 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	YLR407W	YLR407W	687 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	LTO1	YNL260C	597 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	HRT1	YOL133W	366 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	YPR059C	YPR059C	387 nt		4.66	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	AIM21	YIR003W	2040 nt		4.65	□□□□□ -1.66
SHP1	P34223	TUP1	YCR084C	2142 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RNA15	YGL044C	891 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YJR038C	YJR038C	363 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YLR374C	YLR374C	390 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RET3	YPL010W	570 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YER158C	YER158C	1722 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RSC58	YLR033W	1509 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	MPS3	YJL019W	2049 nt		4.65	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YIL152W	YIL152W	708 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	EFB1	YAL003W	621 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YKR047W	YKR047W	306 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	PFA4	YOL003C	1137 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YBR196C-B	YBR196C-B	105 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SAS10	YDL153C	1833 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YHR177W	YHR177W	1362 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	BRE4	YDL231C	3378 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SEC9	YGR009C	1956 nt		4.64	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	HSP30	YCR021C	999 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RCR2	YDR003W	633 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	CPR1	YDR155C	489 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YHL045W	YHL045W	348 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	BUD17	YNR027W	954 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	DSS4	YPR017C	432 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	ABF1	YKL112W	2196 nt		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YPK3	YBR028C	1578 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	NAT2	YGR147C	867 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RMI1	YPL024W	726 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SMA1	YPL027W	738 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	MET17	YLR303W	1335 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	CUS1	YMR240C	1311 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SNF3	YDL194W	2655 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SFI1	YLL003W	2841 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YHL012W	YHL012W	1482 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	HST1	YOL068C	1512 nt		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YGR125W	YGR125W	3111 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	NSE3	YDR288W	912 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RIP1	YEL024W	648 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YJR096W	YJR096W	849 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YML116W-A	YML116W-A	303 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YPL162C	YPL162C	822 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	GRE1	YPL223C	507 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	ABD1	YBR236C	1311 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	TGL1	YKL140W	1647 nt		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	PAH1	YMR165C	2589 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	GRX6	YDL010W	696 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	CWC2	YDL209C	1020 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	NUP42	YDR192C	1293 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	GLE2	YER107C	1098 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	MRM2	YGL136C	963 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SAY1	YGR263C	1275 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	LSM12	YHR121W	564 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	MHO1	YJR008W	1017 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	PER33	YLR064W	822 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YLR225C	YLR225C	1224 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	CDC42	YLR229C	576 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	BLS1	YLR408C	369 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YLR412C-A	YLR412C-A	207 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YOR020W-A	YOR020W-A	273 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SRB6	YBR253W	366 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RAD52	YML032C	1416 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	KCH1	YJR054W	1494 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YDL109C	YDL109C	1944 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	PRM2	YIL037C	1971 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	HIS4	YCL030C	2400 nt		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	PTC1	YDL006W	846 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YDR282C	YDR282C	1245 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	CNN1	YFR046C	1086 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	SCL1	YGL011C	759 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	MSC7	YHR039C	1935 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	RSF1	YMR030W	1131 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	BDP1	YNL039W	1785 nt		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	P34223	YOL075C	YOL075C	3885 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YCR023C	YCR023C	1836 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	DIN7	YDR263C	1293 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	RDN5-1	RDN5-1	121 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	RDN5-6	RDN5-6	121 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	TIF34	YMR146C	1044 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	ROT1	YMR200W	771 nt		4.58	□□□□□ -1.68

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