Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXD9P28356 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms