Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 EXOSC7-201ENST00000265564 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 NR1I3-201ENST00000367979 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 NR1I3-207ENST00000367985 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SYCE3-201ENST00000402753 342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 LIMS2-203ENST00000409254 867 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AL357833.1-201ENST00000413993 832 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC096536.3-201ENST00000415336 575 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 DMKN-211ENST00000436012 848 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CDKN2A-AS1-201ENST00000441769 823 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 HNRNPA1P55-201ENST00000505935 955 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 NR1I3-225ENST00000508387 634 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AP003043.1-201ENST00000527804 547 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC131009.2-201ENST00000542763 770 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AL121790.2-202ENST00000556024 363 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SRD5A3-AS1-203ENST00000591915 709 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RFPL3-201ENST00000249007 1488 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 ELP2-221ENST00000542824 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SNHG28-201ENST00000368102 2501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 DDX50-201ENST00000373585 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 TSEN2-202ENST00000402228 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 TSPEAR-AS1-202ENST00000451035 2108 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 ISLR-202ENST00000395118 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SH2D7-202ENST00000409568 2162 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC244154.1-201ENST00000620148 1555 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 IKBKE-201ENST00000578328 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 ABCC6P1-201ENST00000546162 2943 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CD1A-201ENST00000289429 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 LDHAL6A-201ENST00000280706 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 LAMP2-201ENST00000200639 1867 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 MAPT-IT1-201ENST00000624111 3016 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SP8-203ENST00000617581 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 GAPDHS-201ENST00000222286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CRISPLD2-209ENST00000567845 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC124319.4-201ENST00000622931 2161 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC024475.2-201ENST00000312173 879 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 S100A2-202ENST00000368708 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CA6-201ENST00000377436 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CA6-202ENST00000377442 747 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC005822.1-201ENST00000414124 1034 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
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TCOF1Q13428 YY1P2-201ENST00000438766 948 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC103563.2-201ENST00000442200 597 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC007679.1-201ENST00000458609 502 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 YBX1P3-201ENST00000468366 909 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 FHIT-205ENST00000476844 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 OR52V1P-201ENST00000515557 898 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RORA-AS1-202ENST00000558140 869 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 TPST2P1-201ENST00000564073 1102 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
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TCOF1Q13428 ZNF397-209ENST00000591206 1516 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 TRIT1-202ENST00000372818 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AKIP1-203ENST00000309377 1327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RPL4P6-201ENST00000438116 1304 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RAPGEFL1-202ENST00000456989 1582 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SLC1A7-202ENST00000371494 2637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CNBP-207ENST00000502976 1626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
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TCOF1Q13428 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
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TCOF1Q13428 ZNF683-205ENST00000436292 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 PPARG-206ENST00000397012 2006 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 IGHG4-202ENST00000641978 2597 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 TRIM46-202ENST00000368382 3127 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CAMKV-215ENST00000488336 2905 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CELA3A-201ENST00000290122 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 MIR339-201ENST00000362153 94 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SNORA30.1-201ENST00000363193 129 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 SAA1-202ENST00000405158 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC007391.1-201ENST00000433893 504 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 ZBTB46-AS1-201ENST00000435912 533 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RN7SL69P-201ENST00000468423 272 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 DLG4-206ENST00000485100 1004 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 RN7SL646P-201ENST00000492969 297 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 KRT18P63-201ENST00000505463 979 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 HNRNPA1P4-201ENST00000509706 756 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC091132.6-201ENST00000586411 826 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC012617.1-202ENST00000586488 509 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC083798.2-202ENST00000609469 553 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 MRPS31P4-202ENST00000613769 583 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 C2orf27AP1-201ENST00000618128 586 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC244097.1-201ENST00000621631 1216 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 AC009118.3-201ENST00000622896 873 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TCOF1Q13428 CDCA3-202ENST00000422785 2760 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
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