Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TLL2-201ENST00000357947 6756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM86B1-203ENST00000448228 2096 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 EFHC1-230ENST00000637263 2089 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HECTD2-201ENST00000298068 4802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NAP1L1-201ENST00000261182 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC103592.1-201ENST00000394513 664 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 DGKD-202ENST00000409813 6228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FLJ37035-201ENST00000419400 446 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AQP7P5-201ENST00000428759 1049 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AQP7P4-201ENST00000447083 1042 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AQP7P2-201ENST00000453967 1041 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL713999.1-201ENST00000473363 753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN2-208ENST00000485222 910 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN2-210ENST00000538076 1109 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PIGT-208ENST00000545755 1158 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-AS1-204ENST00000551626 618 ntTSL 4 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC115099.1-201ENST00000570413 362 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MYOZ3-209ENST00000615557 1031 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC091769.1-201ENST00000619576 568 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AQP7P3-201ENST00000624547 1041 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TIGD6-201ENST00000296736 4006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ABI2-203ENST00000261018 6638 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ANKRD42-201ENST00000260047 2514 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL021395.1-201ENST00000611791 2232 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MCRS1-201ENST00000343810 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GUCY1B2-205ENST00000532104 1912 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF10-207ENST00000520359 5472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 KRT8P43-201ENST00000406052 1458 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SEZ6L-202ENST00000343706 2898 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ABCA2-201ENST00000265662 8154 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MLXIPL-203ENST00000354613 3215 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ASTN2-206ENST00000361477 4001 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 OLFML3-203ENST00000393300 1961 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 WDSUB1-201ENST00000358147 1535 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ADGRG6-202ENST00000296932 6849 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 UBXN11-206ENST00000374222 2043 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ARAP1-204ENST00000393609 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TP73-211ENST00000604074 4806 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NLRX1-201ENST00000292199 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PPP1R15B-201ENST00000367188 5227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FAAP100-201ENST00000327787 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC5A4-AS1-201ENST00000434942 876 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL139008.1-201ENST00000437894 228 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL356218.1-201ENST00000450864 353 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR4-209ENST00000488241 613 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P8-201ENST00000505201 779 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC02285-201ENST00000557121 943 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MTUS1-229ENST00000634613 1193 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NAA15-201ENST00000296543 6222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 E2F7-201ENST00000322886 5740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TCF23-201ENST00000296096 4882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 KIR2DS4-201ENST00000339924 1608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PIGS-203ENST00000395346 2815 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GORASP2-201ENST00000234160 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC25A31-201ENST00000281154 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
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