Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ARHGAP4-201ENST00000350060 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ANKRD13B-201ENST00000394859 3214 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 GDAP1L1-208ENST00000617075 2645 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 PSMC3IP-201ENST00000253789 1408 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ARID3B-201ENST00000346246 4271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 UBE2V1-222ENST00000557021 2258 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ARMCX3-203ENST00000471229 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ZIK1-201ENST00000307468 2510 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 SCAMP1-AS1-201ENST00000421004 1479 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 HIST1H2BF-201ENST00000356530 1196 ntAPPRIS P1 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AC103702.2-203ENST00000425510 379 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 PGK1P2-201ENST00000431702 1214 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 GOLGA6L16P-201ENST00000441780 1299 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AL662797.1-201ENST00000442852 799 ntTSL 3 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 VDAC1P11-201ENST00000458323 852 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 TCEAL4-206ENST00000468024 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 TLN2-202ENST00000472902 2116 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 SEPHS2P1-201ENST00000511618 1162 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ORAOV1-205ENST00000535657 709 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AC009065.6-201ENST00000568795 456 ntTSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 MBP-238ENST00000580402 915 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AC004528.1-201ENST00000588380 641 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AC017033.1-201ENST00000603720 708 ntTSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 CRABP2-204ENST00000621784 1033 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 SERPINA13P-201ENST00000469935 1718 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 FAHD2B-201ENST00000272610 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 FAM9B-201ENST00000327220 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 SP8-203ENST00000617581 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
LMO4P61968 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 SLC9B1-201ENST00000296422 1879 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 CDK5RAP1-202ENST00000346416 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 PGLYRP4-202ENST00000368739 2116 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 MKRN2-203ENST00000448482 1679 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 DDC-212ENST00000615193 1674 ntTSL 3 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 TMPRSS6-203ENST00000406725 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 PRAME-205ENST00000405655 2179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 KRT8P25-201ENST00000473150 1456 ntBASIC11.27□□□□□ -0.6
LMO4P61968 ABLIM2-215ENST00000545242 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 AFAP1-204ENST00000420658 7768 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 CYB5R2-201ENST00000299498 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 LCN6-201ENST00000341206 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 CHEK2-203ENST00000382565 696 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 BX248123.1-201ENST00000429070 606 ntTSL 3 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 DDX39AP1-201ENST00000445147 1181 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 CITED1-209ENST00000453707 998 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 SIX3-AS1-202ENST00000456467 557 ntTSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 AC025594.1-201ENST00000469533 543 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 RPL29P2-202ENST00000498671 657 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 AC025171.3-201ENST00000509036 472 ntTSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 FAM86KP-201ENST00000509817 987 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 PAX5-210ENST00000520281 969 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 ZNF576-205ENST00000529930 830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 AP003031.2-205ENST00000531263 683 ntTSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 APOPT1-215ENST00000556253 783 ntTSL 3 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 AC015712.5-201ENST00000558568 564 ntTSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 RN7SL134P-201ENST00000579756 303 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 NAP1L2-201ENST00000373517 2550 ntAPPRIS P1 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 PSEN2-202ENST00000366783 2306 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 PGAP2-201ENST00000278243 2062 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 VAPB-202ENST00000395802 1834 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 DENND1C-202ENST00000543576 2395 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 TAGLN3-205ENST00000478951 1301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 SNAP29-201ENST00000215730 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 SLC1A5-202ENST00000434726 1872 ntTSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
LMO4P61968 STAMBP-204ENST00000409707 1649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms