Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
CCDC9Q9Y3X0 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.9 ms