Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCAL1Q9NZC9 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms