Protein–RNA interactions for Protein: Q8WYN0

ATG4A, Cysteine protease ATG4A, humanhuman

Predictions only

Length 398 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4AQ8WYN0 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
ATG4AQ8WYN0 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ATG4AQ8WYN0 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ATG4AQ8WYN0 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms