Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.681e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 BRD2-213ENST00000495733 3404 ntTSL 217.98■□□□□ 0.471e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 BRD2-212ENST00000482914 4834 ntTSL 1 (best)17.85■□□□□ 0.451e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 BRD2-219ENST00000607833 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)16.42■□□□□ 0.221e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 BRD2-205ENST00000449085 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.11e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 BRD2-204ENST00000449025 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)15.7■□□□□ 0.11e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 BRD2-203ENST00000395287 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.491e-13■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CBX4-203ENST00000494546 432 ntTSL 344.47■■■■■ 4.717e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-244ENST00000495463 501 ntTSL 437.88■■■■□ 3.657e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.87■■■■□ 3.653e-8■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.23e-8■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-234ENST00000475474 749 ntTSL 234.83■■■■□ 3.177e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-238ENST00000482304 740 ntTSL 233.6■■■□□ 2.977e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-227ENST00000462147 576 ntTSL 433.06■■■□□ 2.887e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 DIAPH1-213ENST00000523100 1180 ntTSL 531.92■■■□□ 2.77e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.577e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-229ENST00000466211 584 ntTSL 330.97■■■□□ 2.557e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-216ENST00000434955 480 ntTSL 330.83■■■□□ 2.537e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-209ENST00000411484 561 ntTSL 429.64■■■□□ 2.347e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-217ENST00000436795 775 ntTSL 529.63■■■□□ 2.337e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-243ENST00000494824 565 ntTSL 528.93■■■□□ 2.227e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-226ENST00000461048 1163 ntTSL 1 (best)28.93■■■□□ 2.227e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-215ENST00000429791 724 ntTSL 428.77■■■□□ 2.27e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-231ENST00000469175 486 ntTSL 328.7■■■□□ 2.187e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-210ENST00000420786 539 ntTSL 526.6■■□□□ 1.857e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 AVL9-207ENST00000485228 489 ntTSL 525.8■■□□□ 1.727e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.637e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.577e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.527e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.57e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.437e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.47e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-218ENST00000437066 574 ntTSL 423.56■■□□□ 1.367e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-213ENST00000588186 1099 ntTSL 523.43■■□□□ 1.347e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-242ENST00000492978 775 ntTSL 323.39■■□□□ 1.337e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-213ENST00000428282 1005 ntTSL 323.39■■□□□ 1.337e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-214ENST00000588191 1152 ntTSL 523.31■■□□□ 1.327e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.37e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.257e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.27e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.157e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-205ENST00000586502 541 ntTSL 322.16■■□□□ 1.147e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.137e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.137e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.137e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-209ENST00000587381 555 ntTSL 421.76■■□□□ 1.077e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-209ENST00000587342 802 ntTSL 221.6■■□□□ 1.057e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.017e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 17e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-203ENST00000317251 1910 ntTSL 1 (best)21.26■□□□□ 0.997e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.977e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.917e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.847e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.842e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-214ENST00000590901 2562 ntTSL 220.05■□□□□ 0.87e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRS-206ENST00000588552 5443 ntTSL 1 (best)20■□□□□ 0.792e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-203ENST00000586144 474 ntTSL 219.94■□□□□ 0.787e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.762e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-206ENST00000586568 866 ntTSL 219.66■□□□□ 0.747e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.77e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-251ENST00000638071 1710 ntTSL 519.1■□□□□ 0.657e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CXXC1-208ENST00000587170 476 ntTSL 218.85■□□□□ 0.617e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-205ENST00000496196 2427 ntTSL 1 (best)18.46■□□□□ 0.557e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-222ENST00000591667 580 ntTSL 417.86■□□□□ 0.457e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-218ENST00000589829 593 ntTSL 417.86■□□□□ 0.457e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.437e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-229ENST00000592977 1089 ntTSL 517.66■□□□□ 0.427e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-201ENST00000371394 2679 ntTSL 217.64■□□□□ 0.417e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-204ENST00000344987 1831 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.417e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-217ENST00000589731 1568 ntTSL 1 (best)17.39■□□□□ 0.377e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRS-204ENST00000587303 6353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.372e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-202ENST00000317235 2324 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.37e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-212ENST00000588103 698 ntTSL 316.73■□□□□ 0.277e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-216ENST00000589267 885 ntTSL 516.62■□□□□ 0.257e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 TRNT1-202ENST00000280591 2180 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.237e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-230ENST00000593001 379 ntTSL 1 (best)16.07■□□□□ 0.167e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-204ENST00000391973 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.077e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRS-201ENST00000262963 4766 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.062e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRS-210ENST00000592099 4766 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.062e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 CEP85-202ENST00000451429 4061 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.057e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRS-202ENST00000353284 4518 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.042e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-221ENST00000590501 818 ntTSL 315.21■□□□□ 0.037e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 AVL9-202ENST00000409301 4336 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.017e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-228ENST00000636027 3114 ntTSL 515.1■□□□□ 0.017e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-208ENST00000586844 564 ntTSL 415.09■□□□□ 0.017e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-235ENST00000475823 371 ntTSL 315.06■□□□□ 07e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-201ENST00000360051 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.027e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 MPPE1-219ENST00000589859 567 ntTSL 414.09□□□□□ -0.157e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-224ENST00000457335 570 ntTSL 413.87□□□□□ -0.197e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-212ENST00000425899 738 ntTSL 513.49□□□□□ -0.257e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-214ENST00000428524 644 ntTSL 513.39□□□□□ -0.277e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 DIAPH1-211ENST00000518047 4668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.287e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-205ENST00000462942 7842 ntTSL 213.1□□□□□ -0.317e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 SEPT2-230ENST00000467971 571 ntTSL 213.08□□□□□ -0.327e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 TRNT1-208ENST00000434583 1871 ntTSL 212.91□□□□□ -0.347e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 EHMT1-237ENST00000637261 4208 ntTSL 512.89□□□□□ -0.357e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRA-203ENST00000356147 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.357e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 QKI-208ENST00000537041 583 ntTSL 512.84□□□□□ -0.357e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 AC002480.1-201ENST00000442252 1282 ntTSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.437e-6■■■■□ 20
U2AF1Q01081 PTPRA-202ENST00000318266 3219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.12□□□□□ -0.477e-6■■■■□ 20
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 76.2 ms