Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIM2P55344 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIM2P55344 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIM2P55344 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIM2P55344 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIM2P55344 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIM2P55344 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIM2P55344 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
LIM2P55344 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms