Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A4P53420 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.2 ms