Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH2P43246 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH2P43246 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH2P43246 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH2P43246 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH2P43246 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH2P43246 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH2P43246 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH2P43246 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH2P43246 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH2P43246 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH2P43246 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH2P43246 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH2P43246 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH2P43246 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH2P43246 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSH2P43246 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSH2P43246 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH2P43246 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH2P43246 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH2P43246 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH2P43246 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH2P43246 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH2P43246 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH2P43246 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms