Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SCN3AQ9NY46 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
SCN3AQ9NY46 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SCN3AQ9NY46 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SCN3AQ9NY46 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SCN3AQ9NY46 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN3AQ9NY46 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN3AQ9NY46 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN3AQ9NY46 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN3AQ9NY46 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN3AQ9NY46 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN3AQ9NY46 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN3AQ9NY46 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCN3AQ9NY46 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SCN3AQ9NY46 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN3AQ9NY46 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN3AQ9NY46 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
SCN3AQ9NY46 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN3AQ9NY46 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN3AQ9NY46 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN3AQ9NY46 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SCN3AQ9NY46 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SCN3AQ9NY46 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN3AQ9NY46 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms