Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 NUP62CL-201ENST00000372466 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AMHR2-204ENST00000550311 1787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PDCD6IPP2-206ENST00000566178 3351 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 S100PBP-203ENST00000373476 3320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 USF1-202ENST00000368020 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SPOCK3-201ENST00000357154 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ALDOA-213ENST00000564595 1663 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LIMK1-208ENST00000538333 2170 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TMPRSS3-204ENST00000433957 2403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 C1QTNF9-202ENST00000382071 1854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SLC9B2-202ENST00000394785 3126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 RRAGB-202ENST00000374941 2061 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MKL1-212ENST00000618417 1842 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PRMT5-202ENST00000324366 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MUC1-207ENST00000368392 1032 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MUC1-208ENST00000368393 937 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 RPSAP69-201ENST00000445739 546 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SNORA47-201ENST00000458862 138 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MUC1-213ENST00000462215 1189 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 C11orf45-202ENST00000524878 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 ANAPC15-209ENST00000538919 849 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 GABARAPL1-213ENST00000544284 531 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PIGH-210ENST00000560722 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 RN7SL605P-201ENST00000577229 281 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC004231.3-201ENST00000579136 258 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 USP32P3-202ENST00000583574 611 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AP001120.3-201ENST00000585729 489 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 NRSN2-206ENST00000608736 712 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC135782.3-201ENST00000562782 2105 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 NIT1-202ENST00000368008 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PGAP2-202ENST00000300730 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PGAP2-203ENST00000396986 1837 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PPP2R2C-204ENST00000506140 1780 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC020915.4-201ENST00000597230 2708 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 TBC1D3P1-201ENST00000590047 1693 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 RN7SL173P-201ENST00000461853 292 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 WWC2-208ENST00000508747 1216 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 KIAA1191-210ENST00000510164 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AAMDC-210ENST00000532481 690 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 C14orf132-201ENST00000553764 562 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 BMF-206ENST00000558774 671 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC099524.1-203ENST00000565272 756 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC211476.2-201ENST00000608799 708 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 ALDOA-229ENST00000636698 420 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MPZ-204ENST00000491222 1824 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 NAAA-203ENST00000505594 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 UCP2-202ENST00000536983 1413 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 CKAP2-202ENST00000378034 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 LINC01658-201ENST00000320372 1578 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 HPGD-204ENST00000504433 1910 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC005840.4-201ENST00000541242 2494 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 ZFHX4-AS1-201ENST00000518143 1711 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SGK2-204ENST00000373100 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 EPB42-210ENST00000622454 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 CDCA7L-201ENST00000356195 2915 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 FARS2-201ENST00000274680 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 CDC20B-202ENST00000322374 1679 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 DDX19B-202ENST00000355992 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 TESPA1-202ENST00000449076 2010 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SFSWAP-210ENST00000541286 3219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SLC25A5-201ENST00000317881 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 NCR1-204ENST00000357397 594 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AP001615.1-201ENST00000423276 461 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 IGHV3-43-201ENST00000434710 434 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AL356000.1-201ENST00000441073 1238 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 GTF2I-203ENST00000443166 979 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 RAB34-211ENST00000450529 1184 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PRR13-209ENST00000549924 625 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 LINC01490-202ENST00000551399 1260 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC090907.2-201ENST00000559857 720 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 ZFYVE19-202ENST00000336455 1784 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 GLG1-203ENST00000447066 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AC009474.1-201ENST00000455096 1565 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 PRMT7-202ENST00000441236 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TCOF1Q13428 AL359881.3-201ENST00000602640 1721 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
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