Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 EML1-203ENST00000334192 4064 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF37-201ENST00000333677 4968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ADPRHL1-204ENST00000612156 9759 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SIRPA-202ENST00000358771 3996 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SMAD2-212ENST00000591214 1714 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CST5-201ENST00000304710 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 BGLAP-201ENST00000368272 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MBD3L4-201ENST00000381394 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CXCL12-205ENST00000395794 1052 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 GSTT2B-202ENST00000404172 819 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CELP-201ENST00000411440 1249 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 IZUMO1R-202ENST00000440961 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC034231.1-201ENST00000507251 537 ntTSL 4 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC095040.1-201ENST00000513286 675 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM167A-AS1-202ENST00000533578 1222 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 WAPL-206ENST00000618527 6152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PDE8B-205ENST00000346042 3276 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 R3HDM2-204ENST00000402412 4372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TMEM131L-202ENST00000409663 5017 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PFAS-201ENST00000314666 5371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC092506.1-201ENST00000634580 2275 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF783-202ENST00000434415 4452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NR3C2-209ENST00000625323 5909 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PAF1-204ENST00000595564 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 BDKRB2-202ENST00000542454 6845 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MON1B-201ENST00000248248 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MIR3936HG-204ENST00000621103 1793 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC37A4-201ENST00000330775 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MRPS10-201ENST00000053468 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LDB3-202ENST00000361373 5297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LAMB2-201ENST00000305544 5643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DGKD-201ENST00000264057 6297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SHTN1-204ENST00000392903 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 REXO1L1P-201ENST00000379010 6598 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HSPA8P5-201ENST00000456928 2069 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MINDY4B-201ENST00000465419 1383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PIP4K2A-201ENST00000323883 1319 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM69C-202ENST00000400291 1329 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TINF2-215ENST00000626689 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DGKE-201ENST00000284061 8660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LIF-202ENST00000403987 592 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TIMP1-205ENST00000456754 1095 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TRBC2-201ENST00000466254 758 ntAPPRIS P1 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 EMP2-203ENST00000536829 781 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC01500-204ENST00000556815 752 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC012379.2-201ENST00000560237 765 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RBM4B-201ENST00000310046 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HK2-201ENST00000290573 5772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MLXIPL-206ENST00000434326 3252 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SIPA1L3-201ENST00000222345 7987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF335-201ENST00000322927 4430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms