Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC016730.1-201ENST00000420828 832 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 JPT2-214ENST00000569765 782 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TAS1R3-201ENST00000339381 3433 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZMYND10-201ENST00000231749 2896 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 GCOM1-214ENST00000587652 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LGALS9-201ENST00000302228 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TEX35-204ENST00000367642 2452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 EFHC2-202ENST00000420999 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CD276-202ENST00000318443 3469 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ARMCX2-201ENST00000328766 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 NPTN-201ENST00000345330 2444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PAX8-204ENST00000397647 3633 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CAMKV-215ENST00000488336 2905 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LRRFIP1-202ENST00000289175 3709 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZIK1-201ENST00000307468 2510 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PRRT2-201ENST00000300797 3002 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SEMA6D-208ENST00000558014 6028 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 EGFR-207ENST00000455089 3844 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CXorf40A-212ENST00000514208 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ADAM11-201ENST00000200557 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MMP14-201ENST00000311852 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SAP30BP-202ENST00000355423 2439 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 OTUD4-201ENST00000447906 3829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 KRT18P15-201ENST00000458108 1291 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CATSPERE-202ENST00000366533 3019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ASB3-204ENST00000406687 2205 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 POC5-202ENST00000428202 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 FUBP1-203ENST00000370768 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LINC00638-201ENST00000555578 2518 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZBTB47-201ENST00000232974 3781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TRAIP-201ENST00000331456 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 DNAJC27-207ENST00000534855 4831 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZNF570-201ENST00000330173 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 EHMT2-201ENST00000375528 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MED14-201ENST00000324817 7984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CMTR2-201ENST00000338099 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SLC45A1-201ENST00000289877 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 C2-206ENST00000442278 2434 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PRKN-205ENST00000366897 2877 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SLC27A4-201ENST00000300456 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 FAM219A-207ENST00000379089 3624 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SEC16A-202ENST00000290037 8982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RIC1-204ENST00000418622 6658 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 NHSL1-202ENST00000343505 6535 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TEX26-AS1-205ENST00000585870 2053 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 KRT33B-201ENST00000251646 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RCC2P1-201ENST00000452257 1476 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ADAMTSL2-203ENST00000393061 4270 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TRIM4-203ENST00000355947 3383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 C10orf88-204ENST00000481909 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CCR7-201ENST00000246657 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 VAMP2-201ENST00000316509 2153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TESMIN-204ENST00000443940 3495 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SNCAIP-222ENST00000542191 2729 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 OAS3-201ENST00000228928 6719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PCMTD1-201ENST00000360540 4252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MCM9-202ENST00000316316 5101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PCDHGA6-202ENST00000610583 5650 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 C19orf33-201ENST00000301246 467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.1 ms