Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PPM1M-203ENST00000409502 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TATDN3-201ENST00000366973 2321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AL157996.1-201ENST00000624684 2299 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GFI1B-202ENST00000372122 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GOLGA8VP-201ENST00000559009 1798 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CTSD-208ENST00000636843 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PCP2-201ENST00000311069 776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MRPL48-203ENST00000398483 1058 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZNF32-AS2-201ENST00000418966 905 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RPE-208ENST00000436630 1128 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC093106.1-201ENST00000437271 352 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RN7SL33P-201ENST00000462543 342 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC254633.1-201ENST00000606790 345 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 Z82244.2-201ENST00000632196 448 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 DNAJB8-201ENST00000319153 2465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 LINC00969-231ENST00000597482 1476 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZSCAN5DP-201ENST00000600684 1488 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC011239.2-201ENST00000624820 1489 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PARP3-203ENST00000431474 2360 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SHTN1-204ENST00000392903 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZSCAN5B-202ENST00000586855 2059 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SP140L-205ENST00000458341 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 WFDC3-201ENST00000243938 1000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 IGSF23-201ENST00000402988 989 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC091729.3-203ENST00000413706 674 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC004895.1-202ENST00000435547 547 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TMCO1-203ENST00000464650 1100 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FHIT-205ENST00000476844 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AL450346.2-201ENST00000495602 1024 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 BBOX1-AS1-203ENST00000530430 879 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 BBOX1-AS1-204ENST00000531363 745 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CYP1B1-AS1-204ENST00000589303 579 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC009041.1-202ENST00000599946 987 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 DUX4L33-201ENST00000635217 958 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SRL-202ENST00000537996 1814 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 HDAC7-209ENST00000427332 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CUX1P39880 DCAKD-201ENST00000310604 2122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GP6-201ENST00000310373 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SERPINA4-203ENST00000557004 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 VPREB3-201ENST00000248948 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 VPREB3-202ENST00000398465 503 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SNORD88B-201ENST00000408454 91 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 IQCF4-203ENST00000428561 420 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 HNRNPA1P3-201ENST00000440968 551 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RN7SL22P-201ENST00000471800 269 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RN7SL47P-201ENST00000488710 299 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MXRA7-204ENST00000585519 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC079779.4-201ENST00000619113 548 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CUX1P39880 C17orf80-202ENST00000268942 3449 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CUX1P39880 APOL5-201ENST00000249044 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 EDF1-201ENST00000224073 640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SAP18P2-201ENST00000434334 459 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC053503.3-201ENST00000448375 114 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MYCBP-203ENST00000494695 750 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC106789.1-201ENST00000512927 570 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC140847.2-201ENST00000545923 501 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 RN7SL202P-201ENST00000584410 262 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC092535.4-201ENST00000609548 397 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC012594.1-273ENST00000626618 816 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 NCS1-203ENST00000630865 1092 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.3 ms