Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS54Q9P1Q0 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms