Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms