Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms