Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHFRQ96EP1 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms