Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4CQ96CF2 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms