Protein–RNA interactions for Protein: Q969G3

SMARCE1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1, humanhuman

Predictions only

Length 411 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCE1Q969G3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCE1Q969G3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCE1Q969G3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCE1Q969G3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms