Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
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