Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CHD9Q3L8U1 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD9Q3L8U1 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
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