Protein–RNA interactions for Protein: Q15651

HMGN3, High mobility group nucleosome-binding domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 99 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGN3Q15651 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
HMGN3Q15651 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HMGN3Q15651 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms