Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC34.26■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC34.26■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC34.2■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
TCOF1Q13428 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC34.2■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC34.2■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
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