Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD9P28356 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms