Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL5A3P25940 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms