Protein–RNA interactions for Protein: H7C350

CCDC188, Coiled-coil domain-containing protein 188, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC188H7C350 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC188H7C350 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC188H7C350 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC188H7C350 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms