Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 CCDC86-201ENST00000227520 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LIG3P49916 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 CTTN-201ENST00000301843 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 MBP-208ENST00000397866 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 KCNJ9-201ENST00000368088 4170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 MYRIP-203ENST00000425621 2981 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 PNKD-203ENST00000273077 3021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LIG3P49916 SEZ6L-201ENST00000248933 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 SEZ6L-210ENST00000629590 3215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 TRIM4-201ENST00000349062 3374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 DCHS1-201ENST00000299441 10765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 SH3TC1-201ENST00000245105 4226 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 SPAST-201ENST00000315285 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 POTEM-201ENST00000547889 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 TSPEAR-AS1-202ENST00000451035 2108 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 AC099548.2-204ENST00000481651 2106 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 TATDN3-201ENST00000366973 2321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 GOLGA2P5-201ENST00000266746 2395 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 FES-201ENST00000328850 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 PAX2-202ENST00000361791 3193 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 CTDP1-202ENST00000299543 3380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 ANKRD20A1-201ENST00000562196 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 VSTM2A-201ENST00000302287 3401 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 NLRP2-204ENST00000391721 3420 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 TRPM5-202ENST00000528453 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 CACNA1G-233ENST00000515765 6981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LIG3P49916 STIM1-220ENST00000616714 4356 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 TMEM121B-202ENST00000399875 3961 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AC239798.2-201ENST00000415338 3540 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 DNAJA4-203ENST00000394855 3245 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 NHSL1-202ENST00000343505 6535 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 DDC-207ENST00000444124 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 KY-202ENST00000503669 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 NECAP2-202ENST00000443980 1929 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 MECP2-217ENST00000628176 1712 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 TNS2-219ENST00000552570 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 ZBTB42-201ENST00000342537 3800 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 PRKD1-201ENST00000331968 3726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 IL11RA-208ENST00000555003 3008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 SYNPR-209ENST00000478300 2709 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 587.9 ms