Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CAMP-201ENST00000296435 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TMEM14B-201ENST00000379530 787 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PPIL3-205ENST00000409449 756 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SIX3-AS1-201ENST00000419364 844 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MED19-202ENST00000431606 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC074389.3-201ENST00000450458 454 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GLUD1P3-201ENST00000507952 896 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SMAD1-AS1-201ENST00000513542 481 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC092612.1-201ENST00000514501 998 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC095350.1-204ENST00000585405 616 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC007193.3-201ENST00000598616 188 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 URAHP-205ENST00000610227 398 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC010531.8-201ENST00000623341 685 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CLUL1-202ENST00000400606 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CCDC138-203ENST00000412964 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DUOXA1-205ENST00000558422 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PGAP2-201ENST00000278243 2062 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TMEM78-201ENST00000323223 2175 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 WASHC1-201ENST00000442898 1827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PINX1-201ENST00000314787 1545 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 JPT1-202ENST00000356033 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 UBE2E2-202ENST00000396703 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SIRPB3P-201ENST00000340424 1216 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RPL14-203ENST00000416518 812 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC103702.2-203ENST00000425510 379 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 UBE2D3-221ENST00000507845 577 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 METTL7AP1-201ENST00000547343 496 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RNASEK-204ENST00000552039 591 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC018845.3-201ENST00000562536 516 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC092073.1-202ENST00000606020 653 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 Z82244.1-201ENST00000631502 840 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TAGLN3-205ENST00000478951 1301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SPDYA-202ENST00000379579 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SAP18-201ENST00000382533 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 C14orf39-201ENST00000321731 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC020763.3-201ENST00000625095 2904 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 LINC00675-202ENST00000581851 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TMEM87A-201ENST00000307216 1598 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DMC1-207ENST00000616615 1595 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CDK5RAP1-202ENST00000346416 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 OR6F1-204ENST00000641470 1762 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 IFITM1-201ENST00000328221 844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 HHLA3-202ENST00000361764 692 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MANEA-202ENST00000369293 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 IFNLR1-204ENST00000374419 953 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 C6orf48-202ENST00000375635 610 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 LST1-204ENST00000376086 554 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 C6orf48-209ENST00000395789 952 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 IFITM1-202ENST00000408968 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC005009.2-201ENST00000452471 687 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC019118.1-201ENST00000454530 435 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TBC1D3P6-201ENST00000505954 962 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 VEGFA-219ENST00000518824 606 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SAA2-206ENST00000530400 323 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SLC25A3-215ENST00000551265 580 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 IFI27L1-212ENST00000557218 413 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 JPT2-214ENST00000569765 782 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC080013.5-201ENST00000607044 679 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 OR2T11-201ENST00000625105 1072 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 KLK4-201ENST00000324041 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AGFG1-204ENST00000409315 2912 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 KIF3C-202ENST00000405914 3180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SERPINA13P-201ENST00000469935 1718 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 LINC01922-202ENST00000567168 1704 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 FAM224A-201ENST00000419557 2031 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 FAM156A-208ENST00000615092 2098 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 HIGD2A-201ENST00000274787 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 HIST1H2BF-201ENST00000356530 1196 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 LINC01983-201ENST00000413586 574 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 LRRC3-AS1-201ENST00000426578 784 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PAX5-210ENST00000520281 969 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SRPK2P-201ENST00000523408 1100 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ZNF175-204ENST00000596504 580 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ZNRF4-201ENST00000222033 1426 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GAL3ST4-202ENST00000411994 1404 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 NIPSNAP3A-201ENST00000374767 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DDC-212ENST00000615193 1674 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ZNF263-202ENST00000538765 1721 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TCN2-202ENST00000405742 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
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