Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 FAM9C-205ENST00000542843 5858 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 EIF3CL-201ENST00000380876 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 TRIM56-201ENST00000306085 10952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CLIP4Q8N3C7 NCSTN-202ENST00000368063 3031 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ENG-202ENST00000373203 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ACTN1-204ENST00000438964 3043 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 MAGED4B-201ENST00000335504 2578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SGTB-201ENST00000381007 5469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SYT1-204ENST00000457153 4592 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 TMEM260-201ENST00000261556 4264 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 OSBPL9-201ENST00000361556 2721 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 APAF1-202ENST00000357310 7055 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 TTC14-202ENST00000382584 2274 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 CLOCK-211ENST00000513440 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SYNPO-205ENST00000522122 5098 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 TRIT1-214ENST00000537440 2026 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 NDRG2-251ENST00000556147 2880 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 PTK7-205ENST00000352931 4023 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 DGKD-201ENST00000264057 6297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ZFAND3-201ENST00000287218 3366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 EDC3-201ENST00000315127 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 VCP-201ENST00000358901 4370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 HFE-202ENST00000317896 1922 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ST3GAL5-203ENST00000393805 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 PTH2R-201ENST00000272847 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 CADM1-204ENST00000536727 3520 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 CYP4F3-201ENST00000221307 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 BAIAP3-201ENST00000324385 4678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SLC25A26-202ENST00000354883 2673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 APCDD1L-AS1-203ENST00000427140 2092 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SLC9B1-201ENST00000296422 1879 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 MBP-205ENST00000397860 4844 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ENG-204ENST00000480266 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ANO10-202ENST00000350459 2039 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 LRCH3-203ENST00000425562 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 TBKBP1-201ENST00000361722 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 XPOT-201ENST00000332707 6414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 NRXN1-259ENST00000637511 3651 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 ACIN1-204ENST00000397341 2738 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 LPO-203ENST00000421678 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SPAST-201ENST00000315285 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CLIP4Q8N3C7 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 216.9 ms