Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 LINC00637-201ENST00000556586 2056 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PRR23C-201ENST00000413199 2791 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CLCC1-202ENST00000348264 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CHEK2-203ENST00000382565 696 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 BUD23-204ENST00000423497 1219 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 IGLV9-49-201ENST00000427632 409 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 HIST1H2APS2-201ENST00000454426 370 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC087071.1-201ENST00000469264 427 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC073569.2-201ENST00000551995 354 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SELENOW-212ENST00000601048 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC017033.1-201ENST00000603720 708 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC113385.2-201ENST00000614465 762 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC129778.1-201ENST00000623957 920 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC01002-234ENST00000633808 848 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FSTL4-207ENST00000621681 2660 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 B4GALT3-202ENST00000367998 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PRKD1-202ENST00000415220 3189 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TMEM40-205ENST00000435575 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CCNG2-202ENST00000395640 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CNMD-203ENST00000448904 1444 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PRR30-201ENST00000335524 2008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MUC1-225ENST00000612778 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TPPP3-205ENST00000564104 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RAB11FIP1-206ENST00000524118 1959 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KANK2-205ENST00000589359 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PDHB-201ENST00000302746 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AP000354.1-201ENST00000396982 456 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SLC12A9-AS1-201ENST00000412754 369 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC092570.1-201ENST00000414446 469 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RBM4-211ENST00000530235 1011 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC145422.1-201ENST00000541574 544 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KNOP1P1-201ENST00000542108 989 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RN7SL134P-201ENST00000579756 303 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 IDH3A-224ENST00000629769 114 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ZFYVE19-215ENST00000570108 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ARHGEF1-202ENST00000347545 3091 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AGAP10P-201ENST00000454844 2418 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CASP8-206ENST00000392258 1060 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PRAME-206ENST00000406503 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC00483-202ENST00000419688 558 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL121983.2-202ENST00000419983 535 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL035413.1-201ENST00000437898 507 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC010900.1-201ENST00000449849 1296 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC00824-204ENST00000520766 597 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL139316.1-201ENST00000555643 568 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RPL18A-203ENST00000599870 1084 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC012087.1-201ENST00000608068 809 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PSMA6-217ENST00000628955 364 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC007431.1-201ENST00000578662 1412 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SNCAIP-206ENST00000414317 1591 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 GSDMA-201ENST00000301659 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC00511-213ENST00000581549 2265 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 THEMIS2-201ENST00000328928 2337 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TMEM9B-202ENST00000525069 1433 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ATP5H-202ENST00000344546 553 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TREM2-202ENST00000373113 1044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TMEM95-202ENST00000389982 1191 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 COLEC11-204ENST00000402794 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL445471.1-201ENST00000456316 820 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RPL29P2-202ENST00000498671 657 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 HNRNPA1P56-201ENST00000505767 954 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 BCL2L12P1-201ENST00000508390 733 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC113347.2-201ENST00000512350 279 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CASP3-205ENST00000517513 964 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 IGHEP2-201ENST00000519308 1256 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SLC9A3R2-204ENST00000563587 1037 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
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