Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MGRN1-203ENST00000415496 6405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ENTPD4-202ENST00000358689 5861 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RNF14-201ENST00000347642 4213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PTPN23-201ENST00000265562 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 DCAKD-201ENST00000310604 2122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 USP9X-202ENST00000378308 8371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RET-205ENST00000615310 4337 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TUSC3-201ENST00000382020 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CRYBG1-201ENST00000369066 7553 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-204ENST00000356207 3824 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC068134.1-201ENST00000441266 481 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TPT1P11-201ENST00000458482 498 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 FAM227B-210ENST00000560246 911 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS7P1-201ENST00000613213 4793 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 Z83844.1-201ENST00000455236 4904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 FAM9C-205ENST00000542843 5858 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 THBD-201ENST00000377103 4109 ntAPPRIS P1 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MGLL-201ENST00000265052 4642 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PHACTR2-202ENST00000367582 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FP325330.2-201ENST00000624219 5630 ntBASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CNTN2-201ENST00000331830 7999 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FAM30A-205ENST00000630242 9612 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 EXOC6B-201ENST00000272427 5918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TLK1-202ENST00000360843 5726 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CYTH2-203ENST00000427476 4606 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AL390755.1-201ENST00000623716 2027 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SLC41A3-204ENST00000383598 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MROH2A-201ENST00000389758 5355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 IMPA1-203ENST00000449740 1180 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ORAOV1P1-201ENST00000503108 395 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC129102.1-201ENST00000535755 525 ntTSL 4 BASIC13.95□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms