Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ZNF691-201ENST00000372502 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 GUCY2EP-203ENST00000531117 1918 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ATP5A1-215ENST00000590665 1793 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PEX5L-211ENST00000472994 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 MORN4-201ENST00000307450 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ARMCX3-203ENST00000471229 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ERCC4-207ENST00000575156 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 OPN1SW-201ENST00000249389 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 NHP2P1-201ENST00000335274 462 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 HLA-DMA-202ENST00000395303 1007 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 SNU13-204ENST00000402458 462 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 LINC00339-202ENST00000416769 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ASS1P2-201ENST00000439895 1223 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 FAM138B-202ENST00000446648 1130 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 FAM138C-202ENST00000449442 1126 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC117945.1-201ENST00000451375 463 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 VDAC1P11-201ENST00000458323 852 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CHTF8-207ENST00000520529 475 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CTBP2P6-201ENST00000526402 1229 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 KCCAT198-201ENST00000549251 549 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CR383656.13-201ENST00000550928 563 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AL512310.10-201ENST00000555580 563 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 HNRNPA1P5-201ENST00000558213 966 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC023968.2-201ENST00000560593 1049 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AL353622.2-201ENST00000605846 425 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.128-201ENST00000620543 314 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CR392039.2-201ENST00000623182 509 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 FAM138F-201ENST00000631376 1183 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 APBB3-202ENST00000356738 1804 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 HSPA8-221ENST00000533540 1826 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 RPF1-201ENST00000370654 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 KRT37-201ENST00000225550 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AL031056.1-202ENST00000635954 2193 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ATP5J2-PTCD1-201ENST00000413834 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 F10-201ENST00000375551 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 RNF214-201ENST00000300650 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 USP44-202ENST00000393091 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CDRT15L2-201ENST00000399044 1048 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CFAP36-203ENST00000403007 759 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AP000244.1-201ENST00000424582 201 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC006547.3-201ENST00000600090 583 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AP000357.2-201ENST00000633827 597 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ERG-211ENST00000453032 1595 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 DDX46-212ENST00000628477 1584 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CASP8-212ENST00000432109 1629 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC01002-209ENST00000631858 1761 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CHRND-206ENST00000543200 2918 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SETMAR-205ENST00000425863 1657 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LPAR5-201ENST00000329858 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC01138-206ENST00000622328 2212 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KCNK18-201ENST00000334549 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MRPS11-202ENST00000353598 766 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 OLFML2B-202ENST00000367938 1153 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RNLS-203ENST00000437752 525 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL157392.3-204ENST00000440878 397 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FOXP4-AS1-205ENST00000454812 575 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 C11orf1-202ENST00000528125 534 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 BAK1P2-201ENST00000532665 631 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ORAOV1-205ENST00000535657 709 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TNFRSF12A-204ENST00000573001 648 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KRT17P4-206ENST00000584151 719 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TYMSP2-201ENST00000589501 424 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LGALS4-201ENST00000307751 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 COASY-202ENST00000421097 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KIF6-201ENST00000229913 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 GIT2-201ENST00000320063 2094 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
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