Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GGT1-203ENST00000400382 2628 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 LINC01535-206ENST00000592712 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 VRK3-201ENST00000316763 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 DNAJB6-204ENST00000429029 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 CCDC86-201ENST00000227520 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RPL10L-201ENST00000298283 812 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 CALML6-201ENST00000307786 1101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 TNNT1-202ENST00000356783 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 HIST1H2BK-201ENST00000356950 381 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 NDUFB6-202ENST00000366466 761 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC041040.1-201ENST00000425197 460 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AL512599.1-201ENST00000430724 685 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AL121787.1-202ENST00000445838 876 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 CU639417.1-201ENST00000464664 460 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 C9orf135-205ENST00000527647 748 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AP003031.2-205ENST00000531263 683 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RPAIN-205ENST00000536255 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC092862.1-201ENST00000541534 533 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC068152.1-205ENST00000575173 1081 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 APOC1-209ENST00000592885 562 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 KXD1-211ENST00000599319 707 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 H2BFS-201ENST00000599962 460 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC005274.1-201ENST00000623460 802 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AP000769.1-203ENST00000637245 208 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 BCCIP-203ENST00000368759 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RARG-203ENST00000425354 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 SELENBP1-208ENST00000447402 1530 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RNA5SP491-201ENST00000362936 118 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ATP5J-202ENST00000400087 826 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC114812.1-201ENST00000421868 689 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC092903.1-201ENST00000466506 262 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 IFI27L1-211ENST00000557066 580 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC068831.5-201ENST00000557387 328 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 NAA38-204ENST00000575208 529 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC023389.1-201ENST00000577846 576 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MECP2-213ENST00000622433 1071 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ATP6V1C1-205ENST00000521514 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC040160.2-201ENST00000623816 1675 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 APOL5-201ENST00000249044 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ATP5C1-201ENST00000335698 1078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 OR10N1P-201ENST00000392758 869 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC092810.2-201ENST00000431570 362 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC006372.2-201ENST00000433660 292 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 LINC00313-207ENST00000451543 413 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 KLF3-AS1-203ENST00000504219 627 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 CHIC2-204ENST00000512964 711 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 DUT-207ENST00000559416 635 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC010127.1-202ENST00000597623 713 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC090510.3-201ENST00000615831 821 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 LINC01669-201ENST00000623161 413 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 DRD3-202ENST00000383673 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 RNF34-211ENST00000613529 1449 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 TEX26-AS1-205ENST00000585870 2053 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 C7orf49-214ENST00000620897 1349 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 ABCF3-201ENST00000292808 2453 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 C18orf21-202ENST00000333234 958 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 PRELID3B-202ENST00000371033 943 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 HIST1H4B-201ENST00000377745 438 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 IGHV5-51-201ENST00000390626 410 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AL161733.1-201ENST00000421067 462 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 AC022182.2-201ENST00000525556 859 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
TCOF1Q13428 LINC02369-202ENST00000540745 801 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms