Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS28Q9UK41 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms