Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC27.01■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP40Q9NVE5 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.9 ms