Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC28BQ9BUN5 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms