Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms