Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD4P09016 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD4P09016 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.8 ms