Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM49D1C9J1S8 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM49D1C9J1S8 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms