Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 PAX6-237ENST00000638696 1203 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SELENBP1-208ENST00000447402 1530 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 MAL-204ENST00000354078 831 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 PMF1-203ENST00000368279 1019 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 IL18BP-206ENST00000393707 1037 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 MED15P3-201ENST00000413613 326 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 KRT18P44-201ENST00000416086 1285 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AC010086.2-201ENST00000428616 226 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AC006328.1-201ENST00000437571 379 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AL031587.2-201ENST00000445483 414 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AC079250.1-201ENST00000456046 531 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AC099328.1-201ENST00000498809 1030 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SNHG4-204ENST00000507197 865 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 C1orf198-207ENST00000523410 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AL162231.1-205ENST00000544078 338 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 RNASEK-204ENST00000552039 591 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AC018845.3-201ENST00000562536 516 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 YWHAE-212ENST00000575977 540 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AL353622.2-201ENST00000605846 425 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 ADH1B-207ENST00000639454 1210 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 MEFV-203ENST00000536379 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AL022313.4-201ENST00000562756 2046 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 TMEM145-203ENST00000598766 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 TMEM60-201ENST00000257663 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 GLRX2-202ENST00000367440 1131 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 CBR3-AS1-202ENST00000427491 741 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 IGKV1OR-2-201ENST00000457995 350 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 TIMMDC1-207ENST00000493694 710 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 BLOC1S1-203ENST00000548925 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 SRRM2-AS1-204ENST00000573802 818 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 LINC01836-201ENST00000586061 829 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 AP001462.1-201ENST00000594089 452 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 CBR3-AS1-207ENST00000608641 777 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 KRTAP10-4-202ENST00000616689 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCAPERQ9BY12 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 FAHD2B-201ENST00000272610 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 AC064850.1-201ENST00000413279 1398 ntBASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 NME7-203ENST00000472647 1590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 C19orf18-201ENST00000314391 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 MPV17-209ENST00000405983 859 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 AL121894.1-201ENST00000450971 436 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 AP000533.1-201ENST00000456143 1177 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 HFE-209ENST00000461397 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 SNRPD2P2-201ENST00000473818 333 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 RNA5SP420-201ENST00000516997 137 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 GRAMD4P6-201ENST00000556999 244 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 IFITM2-205ENST00000602569 605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 PPP1R32-201ENST00000338608 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 AC008620.2-201ENST00000510294 1569 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 SEC13-209ENST00000397117 1603 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCAPERQ9BY12 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.6 ms