Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MST1P2-201ENST00000457982 2291 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PLAT-211ENST00000524009 1613 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ATF4-203ENST00000404241 1910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PTGER4P2-201ENST00000328411 252 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 EPPIN-201ENST00000336443 1217 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC004895.1-203ENST00000428901 540 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MIATNB-206ENST00000444388 918 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC079250.1-201ENST00000456046 531 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PTGER4P3-201ENST00000458150 252 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 S100A2-205ENST00000487430 752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DIO1-204ENST00000524406 626 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DIO1-213ENST00000532493 406 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC009779.3-204ENST00000549424 367 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC015712.5-201ENST00000558568 564 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MCEMP1-202ENST00000597445 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC004686.1-201ENST00000605113 538 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC126755.5-201ENST00000622756 267 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TMEM211-203ENST00000640159 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 POLR1C-203ENST00000372389 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 LILRB3-201ENST00000245620 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 OS9-207ENST00000439210 1946 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 FCRL6-201ENST00000321935 1997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 LHFPL1-201ENST00000371968 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 BBS1-203ENST00000455748 1552 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 LAIR1-201ENST00000348231 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 RIDA-201ENST00000254878 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 POLR2G-201ENST00000301788 827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC022080.1-201ENST00000366255 781 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC111149.2-202ENST00000518355 599 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TPM1-220ENST00000559556 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MBP-238ENST00000580402 915 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SNX11-210ENST00000582104 1282 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PTOV1-AS2-203ENST00000601893 719 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MIR6746-201ENST00000620971 63 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DNAJC10-211ENST00000640034 888 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ZNF75A-205ENST00000574298 2347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 CTSV-201ENST00000259470 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 COQ4-201ENST00000300452 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 EFHD1-207ENST00000611312 1490 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SUMO4-201ENST00000326669 1066 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AL121656.1-201ENST00000440786 482 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 LINC00173-201ENST00000470091 435 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC100858.1-201ENST00000514059 1228 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 F11R-204ENST00000537746 1245 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 APOBEC3H-207ENST00000613996 465 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.157-201ENST00000622819 262 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 GGT5-202ENST00000327365 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 LDB3-207ENST00000542786 1889 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 C19orf33-201ENST00000301246 467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 RPRD2-201ENST00000369067 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TPRKB-203ENST00000409716 816 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 NME6-208ENST00000435684 599 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ZNF576-205ENST00000529930 830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC087203.1-201ENST00000532111 1181 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AL162632.1-201ENST00000546784 548 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AL359219.1-201ENST00000556311 934 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ACSM5-206ENST00000575584 1130 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC132812.1-201ENST00000583145 892 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC011479.1-202ENST00000591889 528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
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