Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KLRF1-201ENST00000279545 1091 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 PLAC9-203ENST00000372270 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KLK11-203ENST00000391804 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC098934.1-203ENST00000442868 1262 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AL096772.1-201ENST00000451135 781 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 RN7SL494P-201ENST00000461517 304 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CXCL11-202ENST00000503860 767 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC011124.1-204ENST00000522265 562 ntTSL 4 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AP003390.1-201ENST00000533253 523 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 THY1-209ENST00000580275 578 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 HMGB1P24-201ENST00000611897 328 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KLRF1-208ENST00000617889 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TTC23L-209ENST00000638320 1185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KCTD6-202ENST00000404589 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CLN3Q13286 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 KIR2DS4-201ENST00000339924 1608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CLN3Q13286 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CLN3Q13286 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CLN3Q13286 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 OR4S1-201ENST00000319988 930 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 FAM3B-201ENST00000357985 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC011247.2-201ENST00000457097 233 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ZNF879-202ENST00000519896 543 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC084024.3-201ENST00000520598 562 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ANAPC15-217ENST00000545944 704 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 SHBG-210ENST00000572262 984 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 MIA-206ENST00000597784 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CLN3Q13286 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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