Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 DSCAM-AS1-202ENST00000427451 1640 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 IMMT-212ENST00000620815 1520 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PKIG-201ENST00000349959 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 PFN2-212ENST00000490975 858 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 EEF1GP8-201ENST00000506566 1154 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AL137793.2-201ENST00000632635 659 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 GFI1B-207ENST00000636137 1870 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC003986.1-201ENST00000452700 1526 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 PGD-201ENST00000270776 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC004997.1-205ENST00000447976 1851 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 EIF3F-201ENST00000309828 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 G0S2-201ENST00000367029 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AL157792.1-201ENST00000488281 530 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC026410.1-201ENST00000507366 1101 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 ALG10B-203ENST00000551464 571 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 ATF7-212ENST00000591397 860 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AL031673.1-201ENST00000611460 466 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC106707.1-201ENST00000475981 1640 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CDH1-213ENST00000612417 2068 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CLEC18B-204ENST00000617101 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 PSME2-201ENST00000216802 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 SS18-201ENST00000269137 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 OR7E115P-201ENST00000382617 1024 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 KRTAP10-5-201ENST00000400372 1150 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 MOCS1-207ENST00000432280 1071 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 RPS23-207ENST00000511844 530 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC100858.1-201ENST00000514059 1228 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC022858.1-202ENST00000521084 393 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 RPS25-202ENST00000527673 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 C2orf69P1-201ENST00000563532 1093 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 LOXL1-AS1-207ENST00000565689 735 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 ARL17B-203ENST00000570618 1140 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC006158.1-201ENST00000610661 249 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 AL672207.1-201ENST00000328462 1570 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
TRIM28Q13263 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
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