Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RPAIN-202ENST00000381208 1394 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC009542.1-201ENST00000412549 1810 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 HSPA1L-201ENST00000375654 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 KRT8P38-201ENST00000441370 1430 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 POLR1C-203ENST00000372389 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PMM1-201ENST00000216259 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NR2C2AP-201ENST00000331552 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NCR1-204ENST00000357397 594 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ELFN1-AS1-201ENST00000415399 636 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NR2C2AP-202ENST00000420605 859 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RPSAP69-201ENST00000445739 546 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC007279.1-201ENST00000448547 837 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RPL29P2-201ENST00000488409 460 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC010202.1-201ENST00000551181 405 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GRAMD4P6-201ENST00000556999 244 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CLEC18B-204ENST00000617101 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 EPB42-203ENST00000540029 2098 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PROZ-201ENST00000342783 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ARRB2-218ENST00000575877 1579 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PTGR1-205ENST00000407693 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ECI2-201ENST00000361538 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SLC7A8-214ENST00000621729 1371 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 XAGE2-201ENST00000286049 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 HDGF-202ENST00000368206 960 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AL031587.2-201ENST00000445483 414 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SNRPD2P2-201ENST00000473818 333 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 USE1-207ENST00000596136 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PACRG-AS3-203ENST00000614038 1246 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ELP4-201ENST00000350638 1907 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 TICAM1-201ENST00000248244 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 FMO6P-201ENST00000236166 1620 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PLAT-211ENST00000524009 1613 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MPZL3-204ENST00000527472 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PDCD6-201ENST00000264933 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PKIG-201ENST00000349959 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SNHG14-201ENST00000414175 610 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC093495.1-201ENST00000420253 1067 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC007610.1-201ENST00000568130 498 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SLC46A3-201ENST00000266943 3173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ATL2-210ENST00000452935 2199 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ALDOA-202ENST00000395240 1447 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MKRN2-203ENST00000448482 1679 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LYPLA2-203ENST00000374503 868 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MYL4-202ENST00000393450 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AL451069.3-201ENST00000450206 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AL021391.1-201ENST00000454439 545 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PHBP18-201ENST00000546648 813 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC090907.2-201ENST00000559857 720 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GSTT2-203ENST00000634759 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PAX5-204ENST00000377852 1472 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 FAM189A2-202ENST00000303068 2051 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
CUX1P39880 UCP2-202ENST00000536983 1413 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RCBTB2-205ENST00000544492 2622 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
CUX1P39880 VASH1-AS1-202ENST00000556072 1684 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 HAX1-201ENST00000328703 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms